Sebuah tengkorak kuda nil itu, yang menunjukkan gigi taring besar yang digunakan untuk memerangiHippopotamidae diklasifikasikan bersama dengan ungulates bahkan berujung lainnya dalam urutan Artiodactyla. artiodactyls lainnya termasuk unta, sapi, rusa dan babi, walaupun kuda nil tidak terkait erat dengan kelompok ini.
Lima subspesies dari kuda nil telah diuraikan berdasarkan perbedaan morfologi di tengkorak mereka dan perbedaan geografis:
H. a. amphibius - (yang mencalonkan subspesies) yang membentang
dari Mesir, di mana mereka sekarang sudah punah, di selatan sampai Sungai Nil ke Tanzania dan Mozambik.
H. a. kiboko - di Tanduk Afrika, di Kenya dan Somalia. Kiboko adalah kata Swahili untuk kuda nil. Nasal lebih luas dan lebih daerah interorbital cekung.
H. a. capensis - dari Zambia ke Afrika Selatan. Sebagian meratakan tengkorak subspesies.
H. a. tschadensis - seluruh Afrika Barat, seperti namanya, Chad. Sedikit lebih pendek dan wajah yang lebih luas, dengan orbit menonjol.
H. a. constrictus - di Angola, Republik Demokratik Kongo selatan dan Namibia. Dinamakan untuk lebih konstriksi preorbital nya.
Para subspesies yang disarankan tidak pernah banyak digunakan atau divalidasi oleh ahli biologi lapangan; perbedaan morfologi dijelaskan sudah cukup kecil yang mereka bisa menghasilkan dari variasi sederhana dalam sampel non-representatif Genetik analisis telah menguji keberadaan ketiga subspesies putatif.. Sebuah studi memeriksa DNA mitokondria dari biopsi kulit diambil dari 13 lokasi pengambilan sampel, dianggap keragaman genetik dan struktur antara populasi kuda nil di seluruh benua. Para penulis menemukan diferensiasi genetik rendah tapi signifikan antara H. a. amphibius, H. a. capensis, dan H. a. kiboko. Baik Hatschadensis maupun Haconstrictus telah diuji.
Hingga 1909, naturalis dikelompokkan kuda nil dengan babi, berdasarkan pola molar. garis Beberapa bukti, pertama dari protein darah, kemudian dari sistematika molekuler dan DNA dan catatan fosil, menunjukkan bahwa kerabat terdekat mereka hidup Cetacea-paus, lumba-lumba dan porpoise.Para nenek moyang kuda nil dan paus bercabang dari Ruminantia dan sisa-bahkan berujung ungulates, sedangkan Cetacea dan garis keturunan kuda nil split segera setelah itu .Teori yang paling terbaru dari asal-usul Hippopotamidae menunjukkan bahwa kuda nil dan paus memiliki nenek moyang yang semi-akuatik umum yang bercabang dari artiodactyls lain sekitar 60 juta tahun yang lalu. split ini kelompok hipotesis leluhur kemungkinan menjadi dua cabang sekitar 54 juta tahun yang lalu. Satu cabang akan berkembang menjadi cetacean, mungkin dimulai sekitar 52 juta tahun yang lalu dengan Pakicetus proto-paus dan ikan paus nenek moyang awal kolektif dikenal sebagai Archaeoceti, yang akhirnya mengalami adaptasi air ke dalam Cetacea benar-benar air.
The magnus Anthracotherium, sebuah anthracother dari Oligosen, sudah melahirkan kemiripan dengan kuda nil modern.
Cabang lain menjadi anthracotheres, keluarga besar binatang berkaki empat, yang paling awal di antaranya pada Eosen akhir akan mirip kuda nil kurus dengan kepala yang relatif kecil dan sempit. Semua cabang anthracotheres, kecuali yang berevolusi menjadi Hippopotamidae, menjadi punah selama Pliosen tanpa meninggalkan keturunan.
Sebuah garis keturunan evolusi kasar dapat ditelusuri dari Eosen dan Oligosen spesies:. Anthracotherium dan Elomeryx ke Merycopotamus Miosen dan Libycosaurus dan anthracotheres sangat terbaru pada Pliosen Merycopotamus, Libycosaurus dan semua hippopotamids dapat dianggap membentuk clade, dengan Libycosaurus menjadi lebih erat terkait dengan kuda nil. nenek moyang mereka akan tinggal di Miosen, sekitar 20 juta tahun yang lalu.
Hippopotamids Oleh karena itu sangat bersarang dalam Anthracotheriidae keluarga. Para Hippopotamidae diyakini telah berevolusi di Afrika, sedangkan hippopotamid tertua adalah Kenyapotamus genus yang hidup di Afrika 16-8 juta tahun yang lalu. Sementara spesies hippopotamid tersebar di seluruh Asia dan Eropa, tidak ada kuda nil pernah ditemukan di Amerika, meskipun berbagai genera anthracothere beremigrasi ke Amerika Utara pada awal Oligosen. 7,5 hingga 1,8 juta tahun yang lalu merupakan nenek moyang kuda nil modern, Archaeopotamus, tinggal di Afrika dan Timur Tengah.
Sedangkan catatan fosil kuda nil masih kurang dipahami, dua genera modern, Hippopotamus dan Choeropsis (kadang-kadang Hexaprotodon), mungkin telah menyimpang sejauh 8 juta tahun yang lalu. Taksonomis setuju atau tidak modern Pygmy Hippopotamus adalah anggota Hexaprotodon-an genus rupanya paraphyletic juga merangkul banyak kuda nil Asia punah yang lebih erat kaitannya dengan Hippopotamus, atau-Choeropsis suatu genus yang lebih tua dan basal.